Етнографският институт с музей при БАН има следната структура:

           Ръководство
           Секция „Музеология”
           Секция „Етнология на съвременността”
           Секция „Балканска етнология”
           Секция „Българска традиционна култура"
           Отдел „Научна информация и документация”
           Обслужващо звено